Władze Ogólnopolskiego Związku Zawodowego Pracowników Transportu Międzyzakładowej Organizacji Związkowej przy PKP Intercity S.A. Zakład Południowy w Krakowie wybierane są na pięcioletnią kadencję. Władzę Związku stanowią:

• Międzyzakładowy Zjazd Delegatów – jest najwyższym organem Związku, szczebla międzyzakładowego, nie posiadającym osobowości prawnej.
• Zarząd Międzyzakładowej Organizacji Związkowej – jest najwyższym organem Związku, szczebla międzyzakładowego, posiadającym osobowość prawną. Zarząd OZZPT MOZ w Warszawie kieruje pracami Związku w okresie między zjazdowym.
• Prezydium Zarządu Międzyzakładowej Organizacji Związkowej – jest organem Związku, który kieruje pracami Zarządu Międzyzakładowej Organizacji Związkowej. W skład Prezydium Zarządu Międzyzakładowej Organizacji Związkowej wchodzą:
  • Przewodniczący Zarządu OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A. Zakład Południowy w Krakowie,
  • Wiceprzewodniczący Zarządu OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A. Zakład Południowy w Krakowie ilość wiceprzewodniczących w zależności od potrzeb ustala Międzyzakładowy Zjazd Delegatów,
  • Sekretarz OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A. Zakład Południowy w Krakowie,
  • Skarbnik OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A. Zakład Południowy w Krakowie.
• Międzyzakładowa Komisja Rewizyjna – jest organem kontrolno-rewizyjnym OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A. Zakład Południowy w Krakowie. Sprawuje nadzór nad: 
  • działalności finansową OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A. Zakład Południowy w Krakowie,
  • podejmowaniem i realizacją uchwał Zarządu OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A. Zakład Południowy w Krakowie oraz władz zwierzchnich.

Uprawnienia i kompetencje poszczególnych organów Związku określa Statut Ogólnopolskiego Związku Zawodowego Pracowników Transportu oraz Regulaminy wydane na jego podstawie.