Władze Ogólnopolskiego Związku Zawodowego Pracowników Transportu Międzyzakładowej Organizacji Związkowej przy PKP Intercity S.A. wybierane są na pięcioletnią kadencję. Władzę Związku stanowią:
- Międzyzakładowy Zjazd Delegatów – jest najwyższym organem Związku, szczebla międzyzakładowego, nie posiadającym osobowości prawnej.
- Zarząd Międzyzakładowej Organizacji Związkowej – jest najwyższym organem Związku, szczebla międzyzakładowego, posiadającym osobowość prawną. Zarząd OZZPT MOZ w Warszawie kieruje pracami Związku w okresie między zjazdowym.
- Prezydium Zarządu Międzyzakładowej Organizacji Związkowej – jest organem Związku, który kieruje pracami Zarządu Międzyzakładowej Organizacji Związkowej. W skład Prezydium Zarządu Międzyzakładowej Organizacji Związkowej wchodzą:
- Przewodniczący Zarządu OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A.,
- Wiceprzewodniczący Zarządu OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A. ilość wiceprzewodniczących w zależności od potrzeb ustala Międzyzakładowy Zjazd Delegatów,
- Sekretarz OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A.,
- Skarbnik OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A.
- Międzyzakładowa Komisja Rewizyjna – jest organem kontrolno-rewizyjnym OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A. Sprawuje nadzór nad:
- działalności finansową OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A.,
- podejmowaniem i realizacją uchwał Zarządu OZZPT MOZ przy PKP Intercity S.A. oraz władz zwierzchnich.
Uprawnienia i kompetencje poszczególnych organów Związku określa Statut Ogólnopolskiego Związku Zawodowego Pracowników Transportu oraz Regulaminy wydane na jego podstawie.